山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植保所在解析微小型卵寄生蜂染色體水平基因組方面取得新進(jìn)展
時間:2025-03-31 09:10 來源:山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
近日,植保所天敵與授粉昆蟲利用創(chuàng)新團隊在Nature旗下期刊Scientific Data(Q1,5-year IF = 8.9)發(fā)表題為“A chromosomal-level genome assembly of Trichogramma chilonis Ishii, 1941 (Hymenoptera: Trichogrammatidae)”的研究論文,解析了螟黃赤眼蜂(Trichogramma chilonis)的單倍型全基因組序列,是首個公開發(fā)布的赤眼蜂染色體水平的高質(zhì)量參考基因組。


赤眼蜂(Trichogramma spp.)是一種微小型卵寄生蜂,以各種鱗翅目害蟲的卵為食,常用于農(nóng)業(yè)害蟲管理。目前,這類微小型寄生蜂的高質(zhì)量基因組資源十分匱乏,阻礙了我們對該群體的種群進(jìn)化和寄生生態(tài)學(xué)的理解。本研究通過整合PacBio HiFi、Illumina和Hi-C數(shù)據(jù),獲得了螟黃赤眼蜂(T. chilonis)的染色體水平基因組?;蚪M大小為202.48 Mb,N50長度為40.00 Mb。共有98.59% (199.63 Mb)的contigs被有效地映射到5條染色體上。BUSCO測序結(jié)果顯示,該基因組組裝完整性為98.1% (n = 1367),其中95%為單拷貝BUSCOs, 3.1%為重復(fù)BUSCOs。此外,基因組包含24.16% (48.91 Mb)重復(fù)序列和12,163個預(yù)測的蛋白質(zhì)編碼基因。本研究中所展示的高質(zhì)量的螟黃赤眼蜂基因組為闡明其進(jìn)化路徑和寄生生態(tài)潛在的分子機制提供了寶貴的資源。
山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所為該文章的第一完成單位,植保所博士后王成興為文章第一作者,翟一凡研究員為文章通訊作者。該研究得到國家重點研發(fā)計劃和山東省泰山學(xué)者青年專家項目的支持。(撰稿:王成興; 核稿:周起先)